有明海は、多くの河川の流入により大量の土砂が運ばれることで遠浅の干潟が発達しました。干満差は約6メートルあり日本最大で、魚類にとってもエサが豊富で生息しやすい環境です。また、海苔の養殖も行われ、干満差がある有明海の海苔は良質で生産量は日本一です。
有明海の東部にある荒尾干潟は、面積1656ヘクタールで国内最　　　大級の干潟です。2012年、ラムサール条約湿地に登録されています。ラムサール条約とは、水鳥の生息地として国際的に重要な湿地を保全する条約です。荒尾干潟は、毎年秋から春にかけて多くの渡り鳥が飛来し、ムツゴロウなど有明海にしかいない固有種が生息する貴重な干潟です。