縁起（えんぎ）によると欽明天皇の命令で応神天皇陵の前に誉田宗廟（こんだそうびょう）の神殿を建立したことがはじまりで、後冷泉（ごれいぜい）天皇の永承（えいしょう）6年(1051)に社殿を現在の場所に移したとされています。

平安末期から鎌倉時代にかけて歴代天皇や将軍に守られて、社殿や伽藍（がらん）などが整備されました。やがて八幡信仰が盛んになるにつれて、源氏を名乗る武士の信仰を集めました。しかし、戦国時代になると再三の兵火に見舞われ、社殿や伽藍は焼失しました。現在の本殿や拝殿は、豊臣氏によって再建されたものと言われています。また護国寺（ごこくじ）も再建されましたが、明治初めの廃仏毀釈により取り壊され、唯一南大門（なんだいもん）だけが当時を偲しのぶ建物として残っています。

その他、八幡宮には源頼朝寄進の「塵地螺鈿金銅装神輿（ちりじらでんこんどうそうしんよ）」（国宝）や丸山古墳出土の「金銅装透彫鞍金具（こんどうそうすかしぼりくらかなぐ）」（国宝）など貴重なものが数多く収められています。