村上医家は、寛永17年（1640年）に初代の宗伯が諸町に医院を開き、以来、中津藩・奥平家の御典医を務めた家である。
江戸時代後期の当主・村上玄水が行った人体解剖に関する史料をはじめ、歴代の当主が残した数千点に及ぶ医学関係史料が残されており、その所蔵品を、江戸時代に建てられた屋敷を利用して展示している。
中津の医学・蘭学の歴史の掘り起こしと、前野良澤や福澤諭吉を生み出した郷土の理解と文化の向上を目指している。