左正面の階段を登ると本丸となります。本丸は記録に「八百二十一坪半」(約2,715㎡)とあり、その周囲には高い石垣を築くとともに塀を廻らせ、塀には狭間(さま)と呼ばれる丸、三角、四角形の窓を79箇所にあけて鉄砲や弓矢で射かけられるようになっていました。
本丸の出入口には「本丸一ノ門」があり、この門をくぐると低い石垣を方形に囲った「三間四方」の空間があります。なお、現在残されている門の礎石や排水路等は1857(安政4)年に改修されたものです。
本丸内の建物としては、門の右側に接して六間長屋と呼ばれる平櫓と本丸左奥に三重櫓(天守)がありました。また、5坪程度の玉蔵(鉄砲等の弾丸を収納)もありました。