1637年に起こった島原・天草一揆で討ち死にしたキリシタン一揆勢の首級１万余りの３分の１、3,300人余りの首が葬られ、埋めた一つがこの首塚になります。
この地に1647年、鈴木重成代官が慰霊のために供養碑を建立したもので、碑文は、山口瑠璃光寺住職中華珪法の撰です。
この吉利支丹供養碑は、海に近い砂丘の上に今も静かにたたずみ、地元では首塚又は千人塚とも呼ばれており、国指定史跡にも指定されています。