在镰仓时代至安土桃山时代间400多年里，志岐城是下天草北半部领主志岐的居住地。
城内有主城、二之丸、出丸、马场，南有面向深山的坡上护城河，北部直连武士居住地，东有深邃山谷，下有河流，护城河旁有岩石，可谓是固若金汤的城池。
志岐氏最后的首领——志岐麟泉是在天草传播基督教的第一人，曾经身为天草5人众的领袖级人物，但在1589年，小西行长和加藤清正的联合军队攻打下投靠萨摩的岛津氏，逃往出水。
如今的志岐城址中依稀残存着往日风姿。